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 P r o b e D e s i g n e r E n g l i s h b e t a Q u a n t i M A T ® ️ 探 针 设 计 中 文 版 D u p l e x 探 针 设 计 E n g l i s h 技 术 介 绍 物 种 Q u a n t i M A T 探 针 检 索 小 核 糖 核 酸 Q u a n t i M A T 探 针 检 索 产 品 预 订 S i g h t R N A ® ️ 探 针 设 计 中 文 版 技 术 介 绍 物 种 S i g h t R N A 探 针 检 索 软 件 帮 助 软 件 帮 助 文 档 软 件 更 新 日 志 版 权 信 息 探 针 设 计 放 大 系 统 设 计 大 数 据 关 键 字 分 析 N G S 之 T F 处 理 X m e r 计 算 多 序 列 比 对 P r o b e D e s i g n e r 软 件 你 能 够 获 得 基 础 的 引 物 设 计 培 训 ， 成 为 专 业 出 众 的 生 物 信 息 学 工 程 师 P r o b e D e s i g n e r 简 介 随 着 分 子 生 物 、 生 物 信 息 学 的 发 展 ， 越 来 越 迫 切 需 要 一 种 新 的 平 台 来 完 成 Q u a n t i M A T 探 针 的 一 站 式 的 分 析 、 b l a s t 、 设 计 、 导 出 需 求 的 平 台 P r o b e D e s i g n e r 正 是 基 于 这 种 背 景 下 诞 生 ， 不 需 要 太 深 厚 的 专 业 背 景 知 识 ， 你 就 可 以 完 成 非 常 专 业 的 Q u a n t i M A T 平 台 引 物 和 探 针 设 计 工 作 目 前 软 件 更 新 版 本 为 V 1 . 0 ， 后 续 将 会 推 出 更 多 功 能 作 者 联 系 方 式 ： l x k # k o d i a b i o . c o m | Q Q ： 2 5 4 3 6 7 2 0 使 用 文 档 下 载 地 址 P r o b e D e s i g n e r 软 件 能 完 成 的 工 作 P r o b e D e s i g n e r 软 件 依 赖 于 P y t h o n 语 言 的 强 大 生 物 信 息 库 B i o P y t h o n 可 以 轻 松 实 现 常 规 的 序 列 读 入 、 写 出 、 B l a s t 比 对 ， 同 源 性 分 析 、 以 及 与 E n t r e z 数 据 库 的 交 互 沟 通 ， S w i s s P o r t 处 理 、 M e d l i n e 数 据 库 、 图 形 模 型 、 遗 传 分 析 、 蛋 白 质 序 列 预 测 等 功 能 . Q u a n t i M A T 技 术 是 一 种 基 于 分 支 链 信 号 扩 增 技 术 开 发 的 国 产 化 第 二 代 信 号 放 大 技 术 ， P r o b e D e s i g n e r 可 以 根 据 所 选 靶 标 的 序 列 信 息 ， 生 成 各 种 Q u a n t i M A T 实 验 所 需 的 各 种 功 能 性 探 针 组 C E （ c a p t u r e p r o b e s ） 、 L E （ L a b e l E x t e n d e r ） 、 B L （ B l o c k e r ） 。 这 些 探 针 组 通 过 了 严 苛 的 N S H （ 非 特 异 性 杂 交 分 析 ） ， 使 得 探 针 和 通 用 2 . 0 序 列 产 生 最 小 的 N S H 确 保 实 验 的 高 特 异 性 、 高 灵 敏 度 。 f i l t e r 说 明 过 滤 是 改 变 探 针 允 许 服 务 类 型 的 有 力 工 具 。 使 用 过 滤 器 的 准 则 ， 你 可 以 增 加 或 减 少 探 针 可 用 于 检 测 C E S 或 L E S 的 数 量 。 应 该 指 出 的 是 ， 改 变 过 滤 准 则 的 主 要 原 因 是 增 加 C E S 和 L E S ， 可 用 于 检 测 的 数 量 。 虽 然 默 认 的 阈 值 是 优 秀 的 指 导 方 针 ， 他 们 是 。 在 许 多 情 况 下 ， 你 可 能 有 探 针 略 高 于 或 低 于 允 许 的 阈 值 。 你 ， 作 为 引 物 组 设 计 师 （ 我 打 赌 你 从 来 没 有 叫 过 ） ， 将 需 要 审 查 中 每 个 探 针 组 中 的 探 针 来 确 定 ， 如 果 任 何 的 特 性 ， 可 以 轻 松 但 不 影 响 检 测 性 能 。 请 记 住 ， “ 过 滤 ” 的 动 作 （ 即 ， 放 宽 过 滤 要 求 标 准 ） 放 宽 过 滤 要 求 的 所 有 在 树 上 探 针 。 不 能 为 单 个 探 针 放 松 过 滤 器 。 当 您 为 一 个 探 针 放 松 过 滤 要 求 时 ， 您 可 以 以 有 利 的 方 式 改 变 其 他 探 针 的 状 态 。 C E L E 交 叉 反 应 说 明 C E L E 交 叉 反 应 被 P r o b e D e s i g n e r 软 件 认 为 是 最 终 的 背 景 来 源 ， 事 实 上 ， 这 些 相 互 作 用 被 用 来 建 立 在 分 析 中 的 探 针 的 最 终 分 配 。 互 补 的 C E S 和 L E s 可 能 通 过 以 下 交 叉 反 应 。 这 可 以 通 过 排 除 在 探 针 组 之 一 或 两 个 探 针 分 配 相 同 的 服 务 从 服 务 探 讨 预 防 。 将 探 针 的 方 法 ， 计 算 c e l e 相 互 作 用 ， 和 重 新 分 配 是 必 要 的 ， 你 可 以 想 象 ， 一 个 迭 代 的 过 程 。 使 用 赋 值 视 图 启 用 此 过 程 。 类 似 于 C E 和 L E ， N S H 计 算 的 c e l e 交 互 使 用 X 聚 体 算 法 评 价 。 P D 搜 索 所 有 可 能 的 延 伸 引 物 形 式 可 能 x 聚 体 （ C E s v s . L E s ） ， 估 计 他 们 的 稳 定 性 ， 和 他 们 。 同 样 的 组 合 计 算 ， 它 将 根 据 权 重 的 给 出 一 个 X 聚 体 结 果 以 评 估 c e l e 交 叉 对 背 景 的 影 响 。 所 有 的 c e l e 相 互 作 用 给 出 一 个 权 重 6 类 似 l e a m p 交 叉 反 应 对 于 Q u a n t i M A T 1 . 0 检 测 。 N S H 算 法 P r o b e D e s i g n e r 软 件 的 核 心 就 是 x 聚 体 算 法 。 N S H 全 称 是 N o n e s p e c i f i c a t i o n h y b r i d i z a t i o n （ 中 文 译 为 非 特 异 性 杂 交 ） ， 该 算 法 用 于 评 估 和 任 何 通 用 序 列 之 间 的 杂 交 稳 定 性 “ x 聚 体 ” 指 的 是 由 算 法 考 虑 决 定 的 最 小 的 完 美 杂 交 的 长 度 。 虽 然 该 程 序 的 默 认 值 是 一 个 4 聚 体 ， 你 可 以 调 整 这 个 参 数 。 当 算 法 ： 该 x 聚 体 算 法 开 始 识 别 在 所 选 的 探 针 和 通 用 序 列 之 间 所 有 可 能 产 生 的 x 聚 体 ， 一 个 简 单 的 加 权 方 案 是 用 来 预 测 每 一 个 完 美 的 x 聚 体 混 合 的 稳 定 性 ， 并 为 所 有 的 杂 交 结 果 总 结 每 个 探 针 与 通 用 序 列 的 交 叉 反 应 因 子 。 下 面 的 例 子 ： 1 . 所 有 的 可 能 的 4 聚 体 定 义 如 下 : 这 里 有 两 个 4 聚 体 : T T T C G A A A a n d T T C G C G A A 2 . 任 何 一 个 x 聚 体 ( 以 一 个 典 型 的 4 聚 体 为 例 ) 被 计 算 分 值 通 过 一 个 简 单 的 加 权 方 案 。 并 且 3 . 所 有 的 4 聚 体 计 算 分 值 真 多 通 用 探 针 序 列 和 设 计 探 针 交 叉 反 应 因 子 值 一 旦 x 聚 体 算 法 产 生 所 有 可 能 的 通 用 序 列 的 相 互 交 叉 反 应 的 结 果 ， N S H 算 法 调 用 。 1 。 每 个 x 聚 体 得 分 乘 以 相 应 的 权 重 因 子 （ 1 X C E 与 A P ， 6 X C E 放 大 器 的 前 导 ， 2 0 倍 的 C E 与 放 大 分 子 结 构 臂 ） 确 定 探 针 的 N S H 评 分 。 有 一 个 结 果 为 每 个 探 针 与 通 用 序 列 的 交 叉 反 应 。 这 个 过 程 是 执 行 一 次 假 设 探 针 是 一 个 C E ， 一 旦 假 设 它 是 一 个 L E 。 在 这 个 例 子 中 ， 假 设 我 们 正 在 寻 找 一 个 c e a m p 与 所 设 计 探 针 的 交 叉 反 应 N S H 得 分 = x 聚 体 得 分 * 权 重 因 子 = 1 . 3 7 5 * 6 = 8 . 2 5 2 . x 聚 体 的 分 数 计 算 与 其 他 探 针 N S H 相 互 作 用 （ 这 意 味 着 x 聚 体 算 法 也 重 新 的 计 算 探 针 间 的 交 叉 反 应 ） 。 N S H 的 定 义 N S H 反 应 作 用 涉 及 捕 获 引 物 组 和 标 记 延 伸 引 物 组 的 交 互 以 及 通 用 序 列 在 Q u a n t i M A T 检 测 中 导 致 高 检 测 背 景 。 . 最 小 化 N S H 反 应 是 一 个 成 功 的 引 物 组 设 计 必 不 可 少 的 一 部 分 。 因 此 , P r o b e d e s i g n e r 能 够 筛 选 出 引 物 探 针 以 排 除 那 些 可 能 通 过 N S H 反 应 导 致 背 景 的 升 高 。 在 开 始 之 前 ， 一 件 重 要 的 事 情 是 我 们 如 何 定 义 “ 通 用 ” 序 列 。 这 些 分 子 ， 在 所 有 Q u a n t i M A T 检 测 系 统 中 是 通 用 的 （ 即 相 同 的 通 用 化 学 类 型 ） ， 调 解 目 标 的 捕 获 和 信 号 放 大 。 对 于 Q u a n t i M A T 检 测 系 统 ( 开 放 试 剂 盒 ) , 他 们 包 括 了 分 支 链 D N A 分 子 , A P 探 针 和 在 包 被 板 上 的 捕 获 探 针 ( P S C P ) 。 对 于 Q u a n t i M A T 检 测 系 统 , 他 们 包 括 了 分 支 链 D N A 分 子 ( 附 带 i s o C , i s o G ) , 前 放 大 体 分 子 和 在 板 上 的 捕 获 探 针 ， C E C E 和 L E 引 物 组 的 尾 巴 ( 也 被 成 为 延 伸 ) 也 被 认 为 是 通 用 的 ， 通 过 间 隔 与 特 定 的 扩 展 序 列 拼 接 后 ， 他 们 共 同 协 同 似 使 得 探 针 杂 交 到 通 用 序 列 上 以 及 随 后 的 信 号 放 大 成 为 可 能 。 对 于 任 何 一 个 化 学 系 统 而 言 ， 这 些 通 用 序 列 组 合 在 一 起 形 成 一 个 文 件 导 入 到 P r o b e D e s i g n e r 软 件 中 成 为 一 个 组 从 一 个 探 针 组 中 筛 选 探 针 可 能 会 导 致 高 背 景 的 涉 及 以 下 几 个 方 面 内 容 ： 识 别 能 够 导 致 非 特 异 性 杂 交 的 通 用 延 伸 的 反 应 ； 评 估 形 成 于 通 用 序 列 和 延 伸 序 列 之 间 的 杂 交 稳 定 性 ； 评 估 任 何 潜 在 的 稳 定 交 叉 反 应 对 背 景 的 影 响 。 对 于 N S H 交 叉 反 应 Q u a n t i M A T 化 学 系 统 是 这 么 描 述 的 。 交 叉 反 应 的 不 同 ， 取 决 于 引 物 是 作 为 C E 引 物 还 是 L E 引 物 。 早 期 的 设 计 过 程 中 ， 我 们 没 有 指 定 引 物 的 服 务 类 型 ， 任 何 引 物 都 可 以 是 C E 引 物 或 L E 引 物 。 因 此 , 对 于 所 有 的 引 物 组 都 是 进 行 两 次 的 分 析 ， 一 种 假 设 作 为 C E 引 物 服 务 ， 一 种 假 设 作 为 L E 引 物 服 务 。 P r o b e d e s i g n e r 估 计 杂 交 稳 定 性 及 其 背 景 影 响 。 每 一 个 相 互 作 用 的 混 合 稳 定 性 使 用 3 聚 体 算 法 评 估 （ 下 面 讨 论 ） ， 和 混 合 背 景 的 贡 献 乘 以 这 个 预 测 的 加 权 因 子 的 具 体 作 用 的 稳 定 性 计 算 。 每 个 交 互 相 关 的 系 统 1 的 共 性 评 分 如 下 。 虽 然 建 议 使 用 默 认 设 置 ， 混 合 参 数 和 N S H 加 权 因 素 可 以 改 变 程 序 内 使 用 N S H 对 话 框 。 作 为 一 个 例 子 ， 注 意 捕 获 引 物 C E 放 大 结 构 分 子 臂 臂 交 叉 反 应 权 重 2 0 倍 。 如 果 混 合 的 稳 定 性 从 X 聚 体 造 方 法 是 计 算 ， 说 ， “ 1 ” ， 这 种 交 叉 反 应 的 C E 的 N S H 的 分 值 是 2 0 分 （ 三 聚 体 的 结 果 分 值 的 1 2 0 倍 ） 。 现 在 ， 如 果 你 正 在 关 注 ， 你 想 知 道 为 什 么 捕 获 引 物 C E “ 放 大 结 构 分 子 臂 ” 的 交 叉 反 应 给 予 更 多 的 权 重 比 “ 放 大 结 构 分 子 引 导 ” 和 “ 放 大 分 子 引 导 A P 探 针 ” 的 互 动 。 为 2 0 x 3 分 子 ， 每 个 放 大 分 子 结 构 臂 与 A P 探 针 三 结 合 位 点 。 这 将 产 生 6 0 个 结 合 位 点 的 A P 和 C E 捕 获 引 物 应 该 有 非 特 异 性 配 对 。 从 概 念 上 讲 你 可 以 想 象 为 什 么 这 是 一 个 交 叉 反 应 ， 我 们 希 望 避 免 N S H 。 对 于 Q u a n t i M A T 2 . 0 化 学 体 系 的 N S H 交 叉 反 应 豫 I C P 备 1 4 0 2 9 8 6 3 号 3 P r o b e D e s i g n e r V 1 . 0 探 针 设 计 软 件 版 权 所 有 ， 侵 权 必 究 @ 2 0 2 5 K e v i n . L e e 隐 私 政 策 坤 坤 大 神 P C R 引 物 设 计

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